home | submit sequence | submit alignment | help | contact  



Input summary

Alignments

Alignment A: 7 sequences
Alignment B: 24 sequences
Alignment length: 479 residues

Parameters

Consensus threshold: 0.75
Specificity threshold: 0.75

Output logo

Top row: alignment A specific; middle row: consensus specific; bottom row: alignment B specific.

Alignment

Alignment A
rc_lolfo   M G R D I P D N E T W W Y N P Y M D I H P H W K     Q F D Q V P A A V Y Y S L G I F I A I C G I I G C V G N G V V I Y L F T K T K S L Q T P A N M F I I N L A F S D F T F S L V N G F P L M T I S C F M K Y W V F G N A A C K V Y G L I G G I F G L M S I M T M T M I S I D R Y N V I G R P M S A S K K M S H R K A F I M I I F V W I W S T I W A I G P I F G W G                                         A Y T L E G V L C N C S     F D Y I T R D T T         T R S N I L C M Y I F A F M C P I V V I F F C Y F N I V M S V S N H E K E M A A M A K R L N A K E L R K A Q A G A N A E M K L A K I S I V I V T Q F L L S W S P Y A V V A L L             A Q F G P I E W V T P Y A A Q L P V M F A K A S A I H N P M I Y S V S H P K F R E R I A S N F P W I L T C C Q Y D E K E I E D D K D A E A E I P A G E Q S G G E T A D A A Q M K E M M A M M Q K M Q A Q Q Q Q Q P A Y P P Q G Y P P Q G Y P P Q G Y P P P Q G Y P P Q G Y P P P Q G P P P Q G P P P Q A A P P Q G V D N Q A Y Q A
rc_octdo V E S T T L V N   Q T W W Y N P T V D I H P H W A     K F D P I P D A V Y Y S V G I F I G V V G I I G I L G N G V V I Y L F S K T K S L Q T P A N M F I I N L A M S D L S F S A I N G F P L K T I S A F M K K W I F G K V A C Q L Y G L L G G I F G F M S I N T M A M I S I D R Y N V I G R P M A A S K K M S H R R A F L M I I F V W M W S I V W S V G P V F N W G                                         A Y V P E G I L T S C S     F D Y L S T D P S         T R S F I L C M Y F C G F M L P I I I I A F C Y F N I V M S V S N H E K E M A A M A K R L N A K E L R K A Q A G A S A E M K L A K I S M V I I T Q F M L S W S P Y A I I A L L             A Q F G P A E W V T P Y A A E L P V L F A K A S A I H N P I V Y S V S H P K F R E A I Q T T F P W L L T C C Q F D E K E C E D A N D A E E E V V A S E R   G G E S R D A A Q M K E M M A M M Q K M Q A Q Q A A Q P P P P P Q G Y P P Q G Y P P Q G Y P P P Q G Y P P Q G Y P P P Q G Y P P Q G A P P Q G A P P Q G V D N Q A Y Q A
rc_todpa   M G R D L R D N E T W W Y N P S I V V H P H W R     E F D Q V P D A V Y Y S L G I F I G I C G I I G C G G N G I V I Y L F T K T K S L Q T P A N M F I I N L A F S D F T F S L V N G F P L M T I S C F L K K W I F G F A A C K V Y G F I G G I F G F M S I M T M A M I S I D R Y N V I G R P M A A S K K M S H R R A F I M I I F V W L W S V L W A I G P I F G W G                                         A Y T L E G V L C N C S     F D Y I S R D S T         T R S N I L C M F I L G F F G P I L I I F F C Y F N I V M S V S N H E K E M A A M A K R L N A K E L R K A Q A G A N A E M R L A K I S I V I V S Q F L L S W S P Y A V V A L L             A Q F G P L E W V T P Y A A Q L P V M F A K A S A I H N P M I Y S V S H P K F R E A I S Q T F P W V L T C C Q F D D K E T E D D K D A E T E I P A G E S S A A P S A D A A Q M K E M M A M M Q K M Q Q Q Q A A Y P A P P P Q G Y P P Q G Y P P Q G Y P P   Q G Y P P Q G Y P P P P Q G A P P Q G A P P A A P P Q G V D N Q A Y Q A
2z73                   E T W W Y N P S I V V H P H W R     E F D Q V P D A V Y Y S L G I F I G I C G I I G C G G N G I V I Y L F T K T K S L Q T P A N M F I I N L A F S D F T F S L V N G F P L M T I S C F L K K W I F G F A A C K V Y G F I G G I F G F M S I M T M A M I S I D R Y N V I G R P M A A S K K M S H R R A F I M I I F V W L W S V L W A I G P I F G W G                                         A Y T L E G V L C N C S     F D Y I S R D S T         T R S N I L C M F I L G F F G P I L I I F F C Y F N I V M S V S N H E K E M A A M A K R L N A K E L R K A Q A G A N A E M R L A K I S I V I V S Q F L L S W S P Y A V V A L L             A Q F G P L E W V T P Y A A Q L P V M F A K A S A I H N P M I Y S V S H P K F R E A I S Q T F P W V L T C C Q F D D K E T E D D K D A E T E I P A G E                                                                                                                                                                            
rc_lolpe   M G R D I P D N E T W W Y N P Y M E I N S H W K     Q F D Q V P A A V Y Y S L G I F I G I C G I I G C V G N G I V I Y L F T K T K S L Q T P A N M F I I N L A F S D F T F S L V N G F P L M T I S C F L K Y W V F G N A A C K V Y G L I G G I F G L M S I M T M T M I S I D R Y N V I G R P M S A S K K M S H R K A F I M I I F V W I W S T T W A I G P I F G W G                                         A Y S L E G V L C N C S     F D Y I S R D S S         T R S N I V C M Y L F A F M C P I I V I F F C Y F N I V M S V A N H   K E M A A M A K R L N G K E L R R A Q A G A S A E M K L G K I S V V I V T Q F L L S G S P Y A M V A L L             A Q F G P L E W V T R Y A A Q L P V M F A K A S A I H N P M I Y S V S H P K F R E A I A S N F P W I L T C C Q K D E K E I E D E K D A E A E I P A C E Q S G G E S A D A A Q M K E M M A M M Q K M Q A Q Q A A Q P A Y P P Q G Y P P Q G Y P P Q G Y P P P Q G Y P P Q G Y P P P Q G P L P Q G P P P Q A A P P Q G V D N Q A Y    
rc_lolsu                 N E T W W Y N P Y M D I H S H W K     Q F D Q V P A A V Y Y S L G I F I A I C G I I G C A G N G I V I Y L F T K T K S L Q T P A N M F I I N L A F S D F T F S L V N G F P M M T I S C F L K H W V F G Q A A C K V Y G L I G G I F G L T S I M T M T M I S I D R Y N V I R R P M S A S K K M S H R K A F I M I V F V W I W S T I W A I G P I F G W G                                         A Y Q L E G V L C N C S     F D Y I T R D A S         T R S N I V C M Y I F A F M F P I V V I F F C Y F N I V M S V S N H E K E M A A M A K R L N A K E L R K A Q A G A S A E M K L A K I S I V I V T Q S L L S W S P Y A I V A L L             A Q F G P I E W V T P Y A A Q L P V M F A K A S A I H N P M I Y S V S H P K F R E A I A S N F P W I L T C C Q Y D E K E I E D D K D A E A E I P A A E Q S G G E S V D A A Q M K E M M A M M Q K M Q A Q Q Q Q Q P A Y P P Q G Y P P Q G Y P P Q G Y P P P Q G Y P P Q G Y P P P Q G P P P Q G P P P Q A A P P Q G V D            
rc_sepof   M G R D I P D N E T W W Y N P T M E V H P H W K     Q F N Q V P D A V Y Y S L G I F I G I C G I I G C T G N G I V I Y L F T K T K S L Q T P A N M F I I N L A F S D F T F S L V N G F P L M T I S C F I K K W V F G M A A C K V Y G F I G G I F G L M S I M T M S M I S I D R Y N V I G R P M A A S K K M S H R R A F L M I I F V W M W S T L W S I G P I F G W G                                         A Y V L E G V L C N C S     F D Y I T R D S A         T R S N I V C M Y I F A F C F P I L I I F F C Y F N I V M A V S N H E K E M A A M A K R L N A K E L R K A Q A G A S A E M K L A K I S I V I V T Q F L L S W S P Y A V V A L L             A Q F G P I E W V T P Y A A Q L P V M F A K A S A I H N P L I Y S V S H P K F R E A I A E N F P W I I T C C Q F D E K E V E D D K D A E T E I P A T E Q S G G E S A D A A Q M K E M M A M M Q K M Q Q Q Q A A Q G G Y P P Q G Y P P Y P P P P Q G Y P P A Q G Y P P Q G Y P P P Q G A P P Q G A P P Q A A P P Q G V D N Q A Y Q A
Alignment B
rv_TENREC M N G T E G P N F Y V P F S N K T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F M L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A L A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V G L T W V M A L A C A A P P L A G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F I V H F T I P M I I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T F P A F F A K T S S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T I I           C C G K N     P F G E E   E A T   T V S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_RAT M N G T E G P N F Y V P F S N I T G V V R S P F E Q P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I G L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I V I F F C Y G Q L V F T T           Q A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I F F L I C W L P Y A S V A M Y I F T H Q G S N F G P I             F M T L P A F F A K T A S I Y N P I I Y I M M N K Q F R N C M L T T L           C C G K N     P L G D D   E A S A T A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_DANIO M N G T E G P N F Y V P M S N R T G L V R S P F E E P Q Y Y L A E P W Q F S L L A A Y M L F L I L G S F P I N A L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V L G G F T V T L Y T A L H G Y F L L G V T G C N I E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y I V V C K P M S T F   R F G E K H A I I G V G F T W V M A L T C A V P P L L G W S                                         R H T G A G Q A V S L A W L V E F I N M N K A Q T L L S L S S V C G A V L V N F T T I T E P L Y H R Y S     V M C C         F Q A A A                 Q Q Q E S E T T Q R A E R E V T R M V V V M V I A F L V C W V P Y A S V A W Y I F A N Q G A E F G P V             F M T V P A F F A K S A A L Y N P V I Y I M L N R Q F R N C M L S T V           C C G K N     P L A E D E S S S A V S S K T Q S S V V S S A Q V S P A                                                                                                                                                    
rv_HEDGEHOG   M N T E G E N F Y I P M S   I T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V L G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G H T G C N I E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L F G W S                                         R Y I P E G L Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F S I P M L V I F F C Y G Q L V F T V         K E A T V                       Q D S S T T K E K K E V H R L G I L V V G A S L G C W L P Y A   V T F Y I F A H Q G F N F G P T                                                                 F K                                                                                                                                                                                                                                                  
rv_RABIT M N G T E G P D F Y I P M S N Q T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V L G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N V E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W I M A L A C A A P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P L I I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T I P A F F A K S S S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P L G D D   E A S A T A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_PONGO M N G T E G P N F Y V P F S N A T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V L G G F T S T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L A G W S                                         R Y I P E G L Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T I P A F F A K S A A I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P L G D D   E A S A T V S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_TURTR M N G T E G L N F Y V P F S N K T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S V L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A N L   F M V F G G F T T T L Y T S L H A Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G L A L T W I M A M A C A A P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L S P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P L V I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V V A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S D F G P I             F M T I P S F F A K S S S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T L           C C G R N     P L G D D   E A S T T A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_HYRAX                                                                                                                                                                                                                                                     E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V I F T W I M A L A C A V P P L V G W S                                         R Y I P D   M Q C S C G     I D Y Y T L K P E   N     N E S F V I Y M F V V H F S I P M I I I F F C Y G L F V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V V A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T L P A F F A K S S A I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P F G E E   E G S T T V S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_GORILLA M N G T E G P N F Y V P F S N X T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V L G G F T S T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L A G W S                                         R Y I P E G L Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T I P A F F A K S A A I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P L G D D   E A S A T V S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_DOR M N G T E G P N F Y V P F S N A T G V V R S P F E Q P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F M L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N V E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A M A C A A P P L A G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F A I P M I I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I F F L V C W L P Y A S V A M Y I F T H Q G S N F G P I             F M T L P A F F A K S S S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M I   T I           C C   Q N     P   G D D   E A S   T A S K T E           T S Q V A P                                                                                                                                                      
rv_FELCA M N G T E G P N F Y V P F S N K T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I V I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T L P A F F A K S S S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T L           C C G K N     P L G D D   E A S T T A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_OPOSSUM M N G T E G P N F Y V P F S N K T G T V R S P F E E P Q Y Y L A D P W Q F S C L A A Y M F M L I V L G F P I N F L T L Y V T I Q H K K L R T P L N Y I L L N L A I A D L   F M V F G G F T M T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I I G V A F T W V M A L A C A F P P L I G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P L I V I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W L P Y A G V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T I P A F F A K S S S V Y N P V I Y I M M N K Q F R T C M I T T L           C C G K N     P L G D D   E A S A T A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_CANFA M N G T E G P N F Y V P F S N K T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N V E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L A G W S R S F T R G S P L H P L L S H S P L V L R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E I N     N E S F V I Y M F V V H F A I P M I V I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S D F G P I             F M T L P A F F A K S S S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M I T T L           C C G K N     P L G D D   E A S A S A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_MACACA M N G T E G P N F Y V P F S N A T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N A E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L F G W S                                         R Y I P E G L Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I V I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T I P A F F A K S A S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P L G D D   E A S A T V S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_HORSE M N G T E G P N F Y V P F S N K T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N V E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P L I V I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T L P A F F A K S A A I Y N P V I Y I M M N K Q V                                                                                                                                                                                                                                                    
rv_PIKA M N G T E G P D F Y I P M S N H T G I V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I M L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A I A N L   F M V L C G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N V E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W I M A L A C A A P P L M G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E I N     N E S F V I Y M F V V H F T I P L V I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A C Y I F T H Q G S N F G P I             F M T I P A F F A K S S A I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P L G D D   D A S V T A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_MOUSE M N G T E G P N F Y V P F S N V T G V V R S P F E Q P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V V F T W I M A L A C A A P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I V I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I F F L I C W L P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T L P A F F A K S S S I Y N P V I Y I M L N K Q F R N C M L T T L           C C G K N     P L G D D   D A S A T A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_BOVIN M N G T E G P N F Y V P F S N K T G V V R S P F E A P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I M L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T P H E E T N     N E S F V I Y M F V V H F I I P L I V I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W L P Y A G V A F Y I F T H Q G S D F G P I             F M T I P A F F A K T S A V Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M V T T L           C C G K N           D D   E                                                                                                                                                                                              
rv_HUMAN M N G T E G P N F Y V P F S N A T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V L G G F T S T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L A G W S                                         R Y I P E G L Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T I P A F F A K S A A I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P L G D D   E A S A T V S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_ORNAN M N G T E G Q D F Y I P M S N K T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q Y S V L A A Y M F M L I M L G F P I N F L T L Y V T I Q H K K L R T P L N Y I L L N L A F A N H   F M V L G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N I E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y I V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W I M A L A C A L P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L R P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M T I I F F C Y G R L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T V P A F F A K S S A I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P L G D D   E A S A T A S K T E Q S S V S T S Q V S P A                                                                                                                                                    
rv_CAVPO M N G T E G E N F Y I P F S N A T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S I L A A Y M F M L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A N L   F M V L G G F T T T L Y T S M N G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V V F T W I M A L A C A A P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A A Y I F T H Q G S N F G P I             F M T V P A F F A K S S S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P L G D D   E A S T T V S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_MEGABAT M N G T E G P N F Y V P F S N K T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V F G G F T T T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G L A L T W V M A L A C A A P P L V G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I V I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W L P Y A G V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T L P A F F A K S S S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T L           C C G K N     P L G E D   E A S T T A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_PAN M N G T E G P N F Y V P F S N A T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A D L   F M V L G G F T S T L Y T S L H G Y F V F G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L A G W S                                         R Y I P E G L Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I I I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T I P A F F A K S A A I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T I           C C G K N     P L G D D   E A S A T V S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
rv_MICROBAT     G T E G P K L Y C P L S N K T G V V R S P F E Y P Q Y   L A E P G Q F Y M L A A Y M Y L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H K K L R T P L N Y I L L N L A V A N L   F M V F G G F T T T L Y T S M H G Y F V F G A T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K P M S N F   R F G E N H A I M G L A F T W V M A L A C A A P P L A G W S                                         R Y I P E G M Q C S C G     I D Y Y T L K P E V N     N E S F V I Y M F V V H F T I P M I V I F F C Y G Q L V F T V         K E A A A                 Q Q Q E S A T T Q K A E K E V T R M V I I M V V A F L I C W L P Y A S V A F Y I F T H Q G S N F G P I             F M T I P A F F A K S S S I Y N P V I Y I M M N K Q F R N C M L T T L           C C G K N     P L G D D   E A S T T A S K T E           T S Q V A P A                                                                                                                                                    
Types and Categories
type 3 1 1 1 1 1 1 1 1 3 2 3 2 3 4 2 1 1 1 1 3 1 3 3 1 2 3 1 3 3 3 3 3 1 3 3 3 3 2 4 3 3 3 3 1 2 3 3 3 3 4 3 1 3 4 3 1 3 3 4 3 3 3 3 3 4 3 4 3 4 4 3 4 3 3 3 3 4 4 4 3 3 2 3 3 4 3 3 2 3 4 4 3 2 3 3 3 3 3 3 1 3 1 3 1 4 4 1 3 3 4 3 2 3 4 1 3 3 3 3 3 4 1 3 3 3 3 3 3 1 3 3 3 4 3 4 4 3 4 3 3 3 4 4 1 3 3 3 3 3 3 3 3 1 4 3 1 3 3 3 4 3 4 0 3 3 1 1 3 1 3 3 4 3 2 4 4 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3 4 1 3 4 4 2 3 4 3 4 3 4 4 3 4 4 3 1 3 3 1 1 3 3 4 4 3 3 4 3 3 1 3 4 1 1 1 1 4 1 1 4 2 1 0 4 4 4 4 4 3 3 3 4 3 3 4 3 3 3 3 4 4 3 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 1 4 4 3 1 3 3 3 3 3 1 3 3 4 1 3 4 4 3 3 4 2 4 4 4 1 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 4 3 3 4 4 4 3 2 2 4 3 4 4 1 4 4 3 3 3 3 3 3 4 4 3 3 3 0 1 1 2 3 3 1 3 3 4 4 3 1 3 1 3 3 0 3 2 1 3 3 4 3 0 3 2 3 3 1 4 1 1 1 1 1 1 1 3 3 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 1 3 3 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 3 3 3 3 3 3 3 1 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 3 1 1 1 1 3 1 1 3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1
category S S S S S S S S S S S S S S C S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S C S S S S S S S S S S C S S S C S S S S C S S S S S C S C S C C S C S S S S C C C S S S S S C S S S S C C S S S S S S S S S S S S S C C S S S C S S S C S S S S S S C S S S S S S S S S S S C S C C S C S S S C C S S S S S S S S S S C S S S S S C S C 0 S S S S S S S S C S S C C S C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C S C S S C C S S C S C S C C S C C S S S S S S S S C C S S C S S S S C S S S S C S S C S S 0 C C C C C S S S C S S C S S S S C C S C C S S S S S S S S S S S S S S S S S S C C S S S S S S S S S S C S S C C S S C S C C C S C C S S S S S S S S S S C C C S S S S S S S S S S S C S S C C C S S S C S C C S C C S S S S S S C C S S S 0 S S S S S S S S C C S S S S S S 0 S S S S S C S 0 S S S S S C S S S S S S S S S C S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S

Alignment colour legend

type category specific for... explanation
C A B
0 0 0 0 0 no specificity
1 S 0 0 1 specific for alignment B, but not for alignment A
2 S 0 1 0 specific for alignment A, but not for alignment B
3 S 0 1 1 specific for alignment A and B seperately
4 C 1 0 0 specific for consensus only
5 C 1 0 1 specific for consensus and alignment B
6 C 1 1 0 specific for consensus and alignment A
7 C 1 1 1 specific for consensus and alignments A and B

Each position in an alignment output by Spial can be one of eight possible types. The type of each position is determined by whether it is specific to alignment A, alignment B, the consensus, or any combination of those. Each position in an alignment can also be one of three possible categories, which indicate whether the position is specific to the consensus (C), specific to one or both of the input alignments but not the consensus (S), or not specific at all (0).

Alignments, with types and categories of positions marked, can be viewed in text format here.

Specificities mapped to structure

Important: Note that the colour coding used in the structure is not equivalent to the colour coding used in the alignment above.
   


Click here for a PyMOL script that will colour your structure according to type.
Click here for a PyMOL script that will colour your structure according to the red-blue colour scheme above.

Instructions: Open your PDB file in PyMOL, then run the above scripts either by copying and pasting them into the PyMOL command line or by saving them to your hard drive and then running them via PyMOL's Run command. Also see the Spial help page for details.

Contact: AJ Venkatakrishnan